प्राकृतिक कार्बनिक रंगद्रव्य पौधों या जानवरों के अर्क से प्राप्त होते हैं। वे कुछ प्रसिद्ध रंगों के मूल संस्करण हैं, लेकिन कम टिकाऊ हैं। उदाहरण के लिए, टैन मोलस्क स्याही की थैलियों से बनाया जाता था और कोचीनियल कोचीनियल कीड़ों से निकाला जाता था। भारतीय पीला, नील और गहरा हरा मूल रूप से पौधों से प्राप्त हुए थे, और असली गुलाबी मजीठ अभी भी वैसा ही है। आइवरी ब्लैक, बोन ब्लैक और वाइन ब्लैक जले हुए हाथीदांत, हड्डी और कुछ प्रकार की लकड़ी से बने चारकोल से बनाए जाते हैं।
1850 के दशक से पहले, अधिकांश कार्बनिक रंगद्रव्य प्राकृतिक थे, लेकिन कार्बनिक रसायन विज्ञान में प्रगति के साथ, विशाल बहुमत को सिंथेटिक कार्बनिक रंगद्रव्य द्वारा प्रतिस्थापित किया गया है, जिनमें से कुछ प्राकृतिक कार्बनिक पदार्थों में पाए जाने वाले रंगों की नकल करते हैं। सिंथेटिक पिगमेंट के भौतिक रूप और रंग को प्राकृतिक पिगमेंट की तुलना में नियंत्रित करना आसान होता है, और वे अधिक हल्के होते हैं और रंगों की एक विस्तृत श्रृंखला पेश करते हैं। आज के सिंथेटिक कार्बनिक रंगों में उज्ज्वल, स्थायी फ़ेथलोसाइनिन, क्विनाक्रिडोन और पेरीलीन शामिल हैं।
रंगे हुए कार्बनिक रंगों में फ़ेथलोसाइनिन, एलिज़रीन क्रिमसन, एन्थ्राक्विनोन लाल (एलिज़ारिन का अधिक हल्का विकल्प), प्रशिया नीला, हंसा पीला, हुकर का हरा, इंडिगो, पायने का ग्रे, पेरिनोन नारंगी, और क्विनाक्रिडोन (पारदर्शिता गुण भी हैं) शामिल हैं। यद्यपि वर्णक कण का आकार आमतौर पर अपेक्षाकृत समान होता है, फिर भी कुछ तलछटी कार्बनिक पदार्थ मौजूद होते हैं, जैसे अल्ट्रामरीन नीला, अल्ट्रामरीन बैंगनी और नीला। पारदर्शी कार्बनिक रंगों में रोज़ मैडर जेनुइन, विरिडियन और क्विनाक्रिडोन्स शामिल हैं, जो सुंदर ग्लेज़ बनाते हैं।